### R code from vignette source 'NarrowPeaks.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: setup ################################################### options(width=100) options(continue=" ") options(prompt="R> ") ################################################### ### code chunk number 3: write score binaries from a WIG file ################################################### library(NarrowPeaks) data("NarrowPeaks-dataset") head(wigfile_test) writeLines(wigfile_test, con="wigfile.wig") wigScores <- wig2CSARScore(wigfilename="wigfile.wig", nbchr = 1, chrle=c(30427671)) print(wigScores$infoscores$filenames) ################################################### ### code chunk number 4: extract candidate regions of enrichment in GRanges object ################################################### library(CSAR) candidates <- sigWin(experiment=wigScores$infoscores, t=1.0, g=30) head(candidates) ################################################### ### code chunk number 5: narrow down enriched regions by funtional PCA ################################################### shortpeaksP0 <- narrowpeaks(inputReg=candidates, scoresInfo=wigScores$infoscores, lmin=0, nbf=25, rpenalty=0, nderiv=0, npcomp=2, pv=80, pmaxscor=0.0, ms=0) head(shortpeaksP0$broadPeaks) head(shortpeaksP0$narrowPeaks) shortpeaksP3 <- narrowpeaks(inputReg=candidates, scoresInfo=wigScores$infoscores, lmin=0, nbf=25, rpenalty=0, nderiv=0, npcomp=2, pv=80, pmaxscor=3.0, ms=0) head(shortpeaksP3$broadPeaks) head(shortpeaksP3$narrowPeaks) shortpeaksP100 <- narrowpeaks(inputReg=candidates, scoresInfo=wigScores$infoscores, lmin=0, nbf=25, rpenalty=0, nderiv=0, npcomp=2, pv=80, pmaxscor=100, ms=0) head(shortpeaksP100$broadPeaks) head(shortpeaksP100$narrowPeaks) ################################################### ### code chunk number 6: final number of components and variance ################################################### print(shortpeaksP0$reqcomp) print(shortpeaksP0$pvar) ################################################### ### code chunk number 7: merge neighbouring narrow peaks ################################################### shortpeaksP90 <- narrowpeaks(inputReg=candidates,scoresInfo=wigScores$infoscores, lmin=0, nbf=25, rpenalty=0, nderiv=0, npcomp=2, pv=80, pmaxscor=90, ms=0) shortpeaksP90ms20 <- narrowpeaks(inputReg=candidates,scoresInfo=wigScores$infoscores, lmin=0, nbf=25, rpenalty=0,nderiv=0, npcomp=2, pv=80, pmaxscor=90, ms=20) ################################################### ### code chunk number 8: create GRangesLists ################################################### library(GenomicRanges) exampleMerge <- GRangesList("narrowpeaksP90"=shortpeaksP90$narrowPeaks, "narrowpeaksP90ms20"=shortpeaksP90ms20$narrowPeaks); exampleMerge ################################################### ### code chunk number 9: export GRanges to annotation tracks in various formats ################################################### library(GenomicRanges) names(elementMetadata(shortpeaksP3$broadPeaks))[3] <- "score" names(elementMetadata(shortpeaksP3$narrowPeaks))[2] <- "score" library(rtracklayer) export.bedGraph(object=candidates, con="CSAR.bed") export.bedGraph(object=shortpeaksP3$broadPeaks, con="broadPeaks.bed") export.bedGraph(object=shortpeaksP3$narrowPeaks, con="narrowpeaks.bed") ################################################### ### code chunk number 10: sessionInfo ################################################### sessionInfo()