### R code from vignette source 'GlobalAncovaDecomp.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: GlobalAncovaDecomp.rnw:25-32 ################################################### #library(Biobase) library(GlobalAncova) data(vantVeer) data(phenodata) data(pathways) sI <- sessionInfo() options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: data ################################################### library(GlobalAncova) data(vantVeer) data(phenodata) data(pathways) formula <- ~ grade + metastases + ERstatus ################################################### ### code chunk number 3: sequential ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = vantVeer, formula = formula, model.dat = phenodata, method = "sequential") ################################################### ### code chunk number 4: GlobalAncovaDecomp.rnw:111-113 ################################################### formula2 <- ~ ERstatus + metastases + grade GlobalAncova.decomp(xx = vantVeer, formula = formula2, model.dat = phenodata, method = "sequential") ################################################### ### code chunk number 5: type3 ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = vantVeer, formula = formula, model.dat = phenodata, method = "type3") ################################################### ### code chunk number 6: pathw ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = vantVeer, formula = formula, model.dat = phenodata, method = "type3", test.genes = pathways[1:3]) ################################################### ### code chunk number 7: genewise ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = vantVeer, formula = formula, model.dat = phenodata, test.genes = pathways[[1]][1:3], genewise = TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: plotseq (eval = FALSE) ################################################### ## Plot.sequential(vantVeer, formula = ~ ERstatus + metastases + grade, model.dat = phenodata, test.genes = pathways[[3]], name.geneset = "cell cycle pathway") ################################################### ### code chunk number 9: GlobalAncovaDecomp.rnw:191-192 ################################################### Plot.sequential(vantVeer, formula = ~ ERstatus + metastases + grade, model.dat = phenodata, test.genes = pathways[[3]], name.geneset = "cell cycle pathway") ################################################### ### code chunk number 10: combplot (eval = FALSE) ################################################### ## Plot.all(vantVeer, formula = ~ ERstatus + metastases + grade, model.dat = phenodata, test.genes = pathways[[3]], name.geneset = "cell cycle pathway") ################################################### ### code chunk number 11: GlobalAncovaDecomp.rnw:213-214 ################################################### Plot.all(vantVeer, formula = ~ ERstatus + metastases + grade, model.dat = phenodata, test.genes = pathways[[3]], name.geneset = "cell cycle pathway") ################################################### ### code chunk number 12: pairwise ################################################### pair.compare(xx = vantVeer, formula = ~ grade, model.dat = phenodata, group = "grade", perm = 100) ################################################### ### code chunk number 13: GlobalAncovaDecomp.rnw:271-272 ################################################### data(colon.tumour) ################################################### ### code chunk number 14: groene ################################################### data(colon.tumour) data(colon.normal) data(colon.pheno) formula <- ~ UICC.stage + sex + location GlobalAncova.decomp(xx = colon.tumour, formula = formula, model.dat = colon.pheno, method = "type3") ################################################### ### code chunk number 15: diff ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = colon.tumour - colon.normal, formula = formula, model.dat = colon.pheno, method = "type3") ################################################### ### code chunk number 16: zz ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = colon.tumour, formula = formula, model.dat = colon.pheno, method = "all", zz = colon.normal) ################################################### ### code chunk number 17: zzgw ################################################### GlobalAncova.decomp(xx = colon.tumour, formula = formula, model.dat = colon.pheno, method = "all", zz = colon.normal, zz.per.gene = TRUE)