### R code from vignette source 'NetAffxResource.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library(AffyCompatible) ################################################### ### code chunk number 2: rsrc-setup ################################################### password <- AffyCompatible:::acpassword ################################################### ### code chunk number 3: rsrc ################################################### rsrc <- NetAffxResource(user="mtmorgan@fhcrc.org", password=password) rsrc ################################################### ### code chunk number 4: names ################################################### head(names(rsrc)) affxDescription(rsrc[["Bovine"]]) ################################################### ### code chunk number 5: select-anno ################################################### annos <- rsrc[["Porcine"]] annos ################################################### ### code chunk number 6: anno-class ################################################### sapply(affxAnnotation(annos), force)[1:5] anno <- affxAnnotation(annos)[[3]] anno ################################################### ### code chunk number 7: select-anno-idx ################################################### anno <- rsrc[["Porcine", "Annotations, CSV format"]] anno <- rsrc[["Porcine", 3]] ################################################### ### code chunk number 8: readAnnotation ################################################### df <- readAnnotation(rsrc, annotation=anno) ################################################### ### code chunk number 9: anno-free-form ################################################### anno <- rsrc[["Porcine", "PSI Library File"]] fl <- readAnnotation(rsrc, annotation=anno, content=FALSE) fl ## a zip file, containing 'Porcine.psi' conn <- unz(fl, "Porcine.psi") readLines(conn, n=6) read.table(conn, header=FALSE, skip=1, sep="\t", nrows=5)