### R code from vignette source 'vignettes/dsQTL/inst/doc/dsq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkd ################################################### library(dsQTL) data(DSQ_17) exptData(DSQ_17) exptData(DSQ_17)[[1]] ################################################### ### code chunk number 2: lkd2 ################################################### data(DSQ_2) names(assays(DSQ_2)) assays(DSQ_2)[[1]][1:5,1:5] rowData(DSQ_2) ################################################### ### code chunk number 3: lkd3 ################################################### data(eset, package="dsQTL") ex ################################################### ### code chunk number 4: lkf ################################################### library(Biobase) fData(ex)[1:5,,drop=FALSE] ################################################### ### code chunk number 5: domo ################################################### library(GGBase) ds2 = getSS("dsQTL", "roundGT_2") ################################################### ### code chunk number 6: dose ################################################### # need to get rid of SNPlocs package getSNPlocs getSNPlocs = dsQTL::getSNPlocs # force library(GGtools) #library(parallel) #options(mc.cores=12) n1 = best.cis.eQTLs(smpack="dsQTL", radius=2000, geneannopk="dsQTL", snpannopk="dsQTL", chrnames="2", smchrpref="roundGT_", smFilter = function(x) GTFfilter(x, lower=0.05)[23810:23830,], # geneApply=mclapply) geneApply=lapply) ################################################### ### code chunk number 7: lkpr ################################################### n1 ################################################### ### code chunk number 8: lkhi ################################################### plot_EvG(probeId("dhs_2_45370802"), rsid("chr2.45370846"), getSS("dsQTL", "roundGT_2", wrapperEndo=function(x){annotation(x)="dsQTL"; x})) ################################################### ### code chunk number 9: showp1 ################################################### proc1 = function(x) { library(rtracklayer) tmp = import(paste(x, ".qnorm.bed.gz", sep="")) stt = split(tmp, space(tmp)) obn = paste(x, "_dsq_chr2", sep="") assign(obn, stt[["chr2"]]) save(list=obn, file=paste(obn, ".rda", sep="")) NULL } ################################################### ### code chunk number 10: lks ################################################### sessionInfo()