### R code from vignette source 'vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load ################################################### library(seqLogo) ################################################### ### code chunk number 2: makePWM ################################################### mFile <- system.file("Exfiles/pwm1", package="seqLogo") m <- read.table(mFile) m p <- makePWM(m) ################################################### ### code chunk number 3: slots ################################################### slotNames(p) p@pwm p@ic p@consensus ################################################### ### code chunk number 4: cosmoArgs ################################################### args(seqLogo) ################################################### ### code chunk number 5: seqLogo1 ################################################### seqLogo(p) ################################################### ### code chunk number 6: seqLogo2 ################################################### seqLogo(p, ic.scale=FALSE)