### R code from vignette source 'vignettes/rRDP/inst/doc/rRDP.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: rRDP.Rnw:119-122 ################################################### options(width = 70, prompt="R> ", digits=4) ### for sampling set.seed(1234) ################################################### ### code chunk number 2: rRDP.Rnw:137-142 ################################################### library(rRDP) seq <- readRNAStringSet(system.file("examples/RNA_example.fasta", package="rRDP")) seq ################################################### ### code chunk number 3: rRDP.Rnw:149-153 ################################################### annotation <- names(seq) names(seq) <- sapply(strsplit(names(seq), " "), "[", 1) seq ################################################### ### code chunk number 4: rRDP.Rnw:159-161 ################################################### pred <- predict(rdp(), seq) pred ################################################### ### code chunk number 5: rRDP.Rnw:165-166 ################################################### attr(pred, "confidence") ################################################### ### code chunk number 6: rRDP.Rnw:174-176 ################################################### actual <- decode_Greengenes(annotation) actual ################################################### ### code chunk number 7: rRDP.Rnw:182-184 ################################################### confusionTable(actual, pred, rank="genus") accuracy(actual, pred, rank="genus") ################################################### ### code chunk number 8: rRDP.Rnw:191-194 ################################################### trainingSequences <- readDNAStringSet( system.file("examples/trainingSequences.fasta", package="rRDP")) trainingSequences ################################################### ### code chunk number 9: rRDP.Rnw:206-207 ################################################### sprintf(names(trainingSequences[1]), fmt="%.65s...") ################################################### ### code chunk number 10: rRDP.Rnw:213-215 ################################################### customRDP <- trainRDP(trainingSequences, dir = "myRDP") customRDP ################################################### ### code chunk number 11: rRDP.Rnw:218-222 ################################################### testSequences <- readDNAStringSet( system.file("examples/testSequences.fasta", package="rRDP")) pred <- predict(customRDP, testSequences) pred ################################################### ### code chunk number 12: rRDP.Rnw:228-229 ################################################### customRDP <- rdp(dir = "myRDP") ################################################### ### code chunk number 13: rRDP.Rnw:234-235 ################################################### removeRDP(customRDP)