### R code from vignette source 'vignettes/bioassayR/inst/doc/bioassayR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: bioassayR.Rnw:67-69 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") # Sources the biocLite.R installation script. ## biocLite("bioassayR") # Installs the package. ################################################### ### code chunk number 3: bioassayR.Rnw:74-75 ################################################### library(bioassayR) # Loads the package ################################################### ### code chunk number 4: bioassayR.Rnw:77-79 (eval = FALSE) ################################################### ## library(help="bioassayR") # Lists all functions and classes ## vignette("bioassayR") # Opens this PDF manual from R ################################################### ### code chunk number 5: bioassayR.Rnw:90-94 ################################################### library(bioassayR) library(RSQLite) myDatabaseFilename <- tempfile() mydb <- newBioassayDB(myDatabaseFilename, indexed=F) ################################################### ### code chunk number 6: bioassayR.Rnw:99-100 ################################################### addDataSource(mydb, description="PubChem Bioassay", version="unknown") ################################################### ### code chunk number 7: bioassayR.Rnw:106-108 ################################################### data(samplebioassay) samplebioassay[1:10,] # print the first 10 scores ################################################### ### code chunk number 8: bioassayR.Rnw:114-118 ################################################### myAssay <- new("bioassay",aid="1000", source_id="PubChem Bioassay", assay_type="confirmatory", organism="unknown", scoring="activity rank", targets="116516899", target_types="protein", scores=samplebioassay) myAssay ################################################### ### code chunk number 9: bioassayR.Rnw:124-125 ################################################### loadBioassay(mydb, myAssay) ################################################### ### code chunk number 10: bioassayR.Rnw:131-135 ################################################### tempAssay <- getAssay(mydb, "1000") # get assay from database dropBioassay(mydb, "1000") # delete assay from database organism(tempAssay) <- "Streptococcus pneumonia" # update organism loadBioassay(mydb, tempAssay) ################################################### ### code chunk number 11: bioassayR.Rnw:140-141 ################################################### addBioassayIndex(mydb) ################################################### ### code chunk number 12: bioassayR.Rnw:146-147 ################################################### mydb ################################################### ### code chunk number 13: bioassayR.Rnw:152-153 ################################################### activeTargets(mydb, 16749979) ################################################### ### code chunk number 14: bioassayR.Rnw:160-161 ################################################### queryBioassayDB(mydb, "SELECT * FROM sqlite_master WHERE type='table'") ################################################### ### code chunk number 15: bioassayR.Rnw:166-167 ################################################### queryBioassayDB(mydb, "SELECT DISTINCT(aid) FROM activity WHERE cid = '16749979'") ################################################### ### code chunk number 16: bioassayR.Rnw:172-173 ################################################### queryBioassayDB(mydb, "SELECT * FROM activity WHERE aid = '1000' LIMIT 10") ################################################### ### code chunk number 17: bioassayR.Rnw:178-179 ################################################### disconnectBioassayDB(mydb) ################################################### ### code chunk number 18: bioassayR.Rnw:182-184 ################################################### # delete temporary database unlink(myDatabaseFilename) ################################################### ### code chunk number 19: bioassayR.Rnw:192-196 ################################################### library(bioassayR) extdata_dir <- system.file("extdata", package="bioassayR") assayDescriptionFile <- file.path(extdata_dir, "exampleAssay.xml") activityScoresFile <- file.path(extdata_dir, "exampleScores.csv") ################################################### ### code chunk number 20: bioassayR.Rnw:202-204 ################################################### myDatabaseFilename <- tempfile() mydb <- newBioassayDB(myDatabaseFilename, indexed=F) ################################################### ### code chunk number 21: bioassayR.Rnw:208-209 ################################################### addDataSource(mydb, description="PubChem Bioassay", version="unknown") ################################################### ### code chunk number 22: bioassayR.Rnw:216-218 ################################################### myAssay <- parsePubChemBioassay("1000", activityScoresFile, assayDescriptionFile) myAssay ################################################### ### code chunk number 23: bioassayR.Rnw:223-224 ################################################### loadBioassay(mydb, myAssay) ################################################### ### code chunk number 24: bioassayR.Rnw:229-230 ################################################### addBioassayIndex(mydb) ################################################### ### code chunk number 25: bioassayR.Rnw:235-238 ################################################### queryBioassayDB(mydb, "SELECT * FROM activity LIMIT 10") queryBioassayDB(mydb, "SELECT * FROM assays") queryBioassayDB(mydb, "SELECT * FROM targets LIMIT 10") ################################################### ### code chunk number 26: bioassayR.Rnw:243-244 ################################################### disconnectBioassayDB(mydb) ################################################### ### code chunk number 27: bioassayR.Rnw:247-249 ################################################### # delete temporary database unlink(myDatabaseFilename) ################################################### ### code chunk number 28: bioassayR.Rnw:254-298 (eval = FALSE) ################################################### ## # this is code for building the example database used here- it should not ## # be visible to the reader in the final PDF ## library(bioassayR) ## pubChemDatabase <- connectBioassayDB("working/bioassayDatabase.sqlite") ## sampleDB <- newBioassayDB("src/bioassayR/inst/extdata/sampleDatabase.sqlite", indexed=F) ## addDataSource(sampleDB, description="bioassayR_testdata", version="unknown") ## ## # add activity rows ## activityRows <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, "SELECT * FROM activity WHERE cid = '2244'") ## con <- slot(sampleDB, "database") ## sql <- paste("INSERT INTO activity VALUES ($aid, $cid, $sid, $activity, $score)", sep="") ## dbBegin(con) ## dbGetPreparedQuery(con, sql, bind.data = activityRows) ## dbCommit(con) ## ## # add assay ids and targets ## for(aid in activityRows[,1]){ ## assay <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, paste("select * from assays where aid =", aid)) ## target <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, paste("select * from targets where aid =", aid)) ## if(nrow(target) == 1){ ## addAssayTarget(sampleDB, aid = aid, target=target$target, target_type=target$target_type) ## } ## addBioassay(sampleDB, source="bioassayR_testdata", aid=aid, assay_type=assay$assay_type, organism=assay$organism, scoring=assay$scoring) ## } ## ## # load activity data for target 166897622 ## assays <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, "SELECT aid FROM targets WHERE target = '166897622'")[[1]] ## for(aid in assays[! assays %in% activityRows[,1]]){ ## assay <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, paste("select * from assays where aid =", aid)) ## target <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, paste("select * from targets where aid =", aid)) ## if(nrow(target) == 1){ ## addAssayTarget(sampleDB, aid = aid, target=target$target, target_type=target$target_type) ## } ## addBioassay(sampleDB, source="bioassayR_testdata", aid=aid, assay_type=assay$assay_type, organism=assay$organism, scoring=assay$scoring) ## ## activityRows <- queryBioassayDB(pubChemDatabase, paste("SELECT * FROM activity WHERE aid =", aid)) ## con <- slot(sampleDB, "database") ## sql <- paste("INSERT INTO activity VALUES ($aid, $cid, $sid, $activity, $score)", sep="") ## dbBegin(con) ## dbGetPreparedQuery(con, sql, bind.data = activityRows) ## dbCommit(con) ## } ## ## disconnectBioassayDB(sampleDB) ################################################### ### code chunk number 29: bioassayR.Rnw:313-317 ################################################### library(bioassayR) extdata_dir <- system.file("extdata", package="bioassayR") sampleDatabasePath <- file.path(extdata_dir, "sampleDatabase.sqlite") pubChemDatabase <- connectBioassayDB(sampleDatabasePath) ################################################### ### code chunk number 30: bioassayR.Rnw:324-326 ################################################### drugTargets <- activeTargets(pubChemDatabase, "2244") drugTargets ################################################### ### code chunk number 31: bioassayR.Rnw:332-334 ################################################### library(ape) targetSequences <- read.GenBank(row.names(drugTargets), species.names = TRUE) ################################################### ### code chunk number 32: bioassayR.Rnw:338-339 ################################################### cbind(attr(targetSequences, "species"), names(targetSequences)) ################################################### ### code chunk number 33: bioassayR.Rnw:354-358 ################################################### library(bioassayR) extdata_dir <- system.file("extdata", package="bioassayR") sampleDatabasePath <- file.path(extdata_dir, "sampleDatabase.sqlite") pubChemDatabase <- connectBioassayDB(sampleDatabasePath) ################################################### ### code chunk number 34: bioassayR.Rnw:365-367 ################################################### activeCompounds <- activeAgainst(pubChemDatabase, "166897622") activeCompounds[1:10,] # look at the first 10 compounds ################################################### ### code chunk number 35: bioassayR.Rnw:376-379 ################################################### selectiveCompounds <- selectiveAgainst(pubChemDatabase, "166897622", maxCompounds = 10, minimumTargets = 1) selectiveCompounds ################################################### ### code chunk number 36: bioassayR.Rnw:389-391 ################################################### library(ChemmineR) structures <- getIds(as.numeric(row.names(selectiveCompounds))) ################################################### ### code chunk number 37: plotstruct ################################################### plot(structures[1:4], print=FALSE) # Plots structures to R graphics device ################################################### ### code chunk number 38: bioassayR.Rnw:407-417 ################################################### library(bioassayR) extdata_dir <- system.file("extdata", package="bioassayR") sampleDatabasePath <- file.path(extdata_dir, "sampleDatabase.sqlite") sampleDB <- connectBioassayDB(sampleDatabasePath) myDatabaseFilename <- tempfile() mydb <- newBioassayDB(myDatabaseFilename, indexed=F) addDataSource(mydb, description="bioassayR_testdata", version="unknown") loadBioassay(mydb, getAssay(sampleDB, 53224)) loadBioassay(mydb, getAssay(sampleDB, 53211)) loadBioassay(mydb, getAssay(sampleDB, 207758)) ################################################### ### code chunk number 39: bioassayR.Rnw:422-424 ################################################### myMatrix <- activityMatrix(mydb) myMatrix ################################################### ### code chunk number 40: bioassayR.Rnw:430-431 ################################################### myMatrix[is.na(myMatrix)] <- 0 ################################################### ### code chunk number 41: bioassayR.Rnw:438-439 ################################################### clusterResults <- hclust(dist(myMatrix), method="average") ################################################### ### code chunk number 42: clusterResult ################################################### plot(clusterResults) ################################################### ### code chunk number 43: bioassayR.Rnw:447-449 ################################################### disconnectBioassayDB(mydb) disconnectBioassayDB(sampleDB) ################################################### ### code chunk number 44: bioassayR.Rnw:452-454 ################################################### # delete temporary database unlink(myDatabaseFilename) ################################################### ### code chunk number 45: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())