### R code from vignette source 'vignettes/antiProfiles/inst/doc/antiProfiles.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options (eval = FALSE) ################################################### ## options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: libload ################################################### # these are libraries used by this vignette require(antiProfiles) require(antiProfilesData) require(RColorBrewer) ################################################### ### code chunk number 3: loaddata ################################################### data(apColonData) show(apColonData) # look at sample types by experiment and status table(apColonData$Status, apColonData$SubType, apColonData$ExperimentID) ################################################### ### code chunk number 4: dropadenomas ################################################### drop=apColonData$SubType=="adenoma" apColonData=apColonData[,!drop] ################################################### ### code chunk number 5: getstats ################################################### trainSamples=pData(apColonData)$ExperimentID=="GSE4183" colonStats=apStats(exprs(apColonData)[,trainSamples], pData(apColonData)$Status[trainSamples],minL=5) head(getProbeStats(colonStats)) ################################################### ### code chunk number 6: plotstat ################################################### hist(getProbeStats(colonStats)$stat, nc=100, main="Histogram of log variance ratio", xlab="log2 variance ratio") ################################################### ### code chunk number 7: buildap ################################################### ap=buildAntiProfile(colonStats, tissueSpec=FALSE, sigsize=100) show(ap) ################################################### ### code chunk number 8: plotscore ################################################### counts=apCount(ap, exprs(apColonData)[,!trainSamples]) palette(brewer.pal(8,"Dark2")) # plot in score order o=order(counts) dotchart(counts[o],col=pData(apColonData)$Status[!trainSamples][o]+1, labels="",pch=19,xlab="anti-profile score", ylab="samples",cex=1.3) legend("bottomright", legend=c("Cancer","Normal"),pch=19,col=2:1) ################################################### ### code chunk number 9: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())