### R code from vignette source 'vignettes/affyPLM/inst/doc/ThreeStep.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ThreeStep.Rnw:36-37 ################################################### library(affyPLM) ################################################### ### code chunk number 2: ThreeStep.Rnw:44-49 (eval = FALSE) ################################################### ## require(affydata) ## data(Dilution) ## ##FIXME: remove the next line ## Dilution = updateObject(Dilution) ## eset <- threestep(Dilution) ################################################### ### code chunk number 3: ThreeStep.Rnw:54-56 (eval = FALSE) ################################################### ## eset <- threestep(Dilution, background.method = "MASIM", ## normalize.method="quantile",summary.method="tukey.biweight") ################################################### ### code chunk number 4: ThreeStep.Rnw:62-64 (eval = FALSE) ################################################### ## eset <- threestep(Dilution, background.method = "IdealMM", ## normalize="quantile",summary.method="log.2nd.largest")