### R code from vignette source 'vignettes/SemDist/inst/doc/introduction.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: introduction.rnw:155-157 (eval = FALSE) ################################################### ## biocLite("SemDist") ## library(SemDist) ################################################### ### code chunk number 2: introduction.rnw:159-160 ################################################### library(SemDist) ################################################### ### code chunk number 3: introduction.rnw:173-176 ################################################### # Examine built-in IA data data("Info_Accretion_mouse_CC", package="SemDist") head(IAccr) ################################################### ### code chunk number 4: introduction.rnw:178-182 (eval = FALSE) ################################################### ## # Calculate IA, specify evidence codes ## # Requires downloading annotation data package ## biocLite("org.Hs.eg.db") ## IAccr <- computeIA("MF", "human", evcodes=c("EXP", "IC")) ################################################### ### code chunk number 5: introduction.rnw:189-198 ################################################### # Calculate IA, specify ontology and annotations ontfile <- system.file("extdata", "mfo_ontology.txt", package="SemDist") annotations <- system.file("extdata", "MFO_LABELS_TEST.txt", package="SemDist") IAccr <- computeIA("my", "values", specify.ont=TRUE, myont=ontfile, specify.annotations=TRUE, annotfile=annotations) ################################################### ### code chunk number 6: introduction.rnw:204-207 (eval = FALSE) ################################################### ## # Calculate IA, specify ontology ## IAccr <- computeIA("MF", "human", specify.ont=TRUE, ## myont=ontfile, specify.annotations=FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: introduction.rnw:229-236 ################################################### # Sample true, prediction files included with SemDist: truefile <- system.file("extdata", "MFO_LABELS_TEST.txt", package="SemDist") predfile <- system.file("extdata", "MFO_PREDS_TEST.txt", package="SemDist") predictions <- read.table(predfile, colClasses = "character") head(predictions) ################################################### ### code chunk number 8: introduction.rnw:245-248 ################################################### rumiTable <- findRUMI("MF", "human", 0.75, truefile, predfile) avgRU <- mean(rumiTable$RU) avgMI <- mean(rumiTable$MI) ################################################### ### code chunk number 9: introduction.rnw:258-266 ################################################### # A sample IA file that comes with the SemDist package. myIA <- system.file("extdata", "myIA.rda", package="SemDist") load(myIA) # "MF" and "human" are present only for naming purposes # since IA is taken from myIA.rda rumiTable <- findRUMI("MF", "human", 0.75, truefile, predfile, IAccr = IA) ################################################### ### code chunk number 10: introduction.rnw:278-281 ################################################### avgRUMIvals <- RUMIcurve("MF", "human", 0.05, truefile, predfile) firstset <- avgRUMIvals[[1]] plot(firstset$RU, firstset$MI) ################################################### ### code chunk number 11: introduction.rnw:291-295 ################################################### # Minimize distance from origin over all points in RUMI curve: semdist <- min(sqrt(firstset$MI^2 + firstset$RU^2)) semdist ################################################### ### code chunk number 12: introduction.rnw:307-311 ################################################### rumiout <- RUMIcurve("MF", "human", 0.05, truefile, predfile, add.prec.rec=TRUE, add.weighted=TRUE) firstset <- rumiout[[1]] plot(firstset$WRU, firstset$WMI)