### R code from vignette source 'vignettes/Pviz/inst/doc/Pviz.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Pviz.Rnw:11-13 ################################################### library(knitr) opts_chunk$set(tidy=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: loading-package ################################################### library(Pviz) ################################################### ### code chunk number 3: ATrack-example ################################################### at<-ATrack(start = c(250, 480), end = c(320, 520), id = c("Anno1", "Anno2"), showFeatureId = TRUE, fontcolor = "black", name = "Annotations") plotTracks(at, from = 1, to = 600) ################################################### ### code chunk number 4: DTrack-example ################################################### library(pepDat) data(restab_aggregate) dt <- DTrack(data = restab_aggregate$group2, start = restab_aggregate$start, width=15, name="Freq", type = "l") plotTracks(dt, from = 1, to = 850, type = "l") ################################################### ### code chunk number 5: ProteinAxisTrack-basic ################################################### pat<-ProteinAxisTrack() plotTracks(pat, from = 1, to = 850) ################################################### ### code chunk number 6: ProteinAxisTrack-options ################################################### pat<-ProteinAxisTrack(addNC = TRUE, littleTicks = TRUE) plotTracks(pat, from = 1, to = 850) ################################################### ### code chunk number 7: ProteinSequenceTrack-basic ################################################### data(pep_hxb2) hxb2_seq <- metadata(pep_hxb2)$sequence st <- ProteinSequenceTrack(sequence = hxb2_seq, name = "env") plotTracks(trackList = c(pat, st), from = 1, to = 40) ################################################### ### code chunk number 8: ProteinSequenceTrack-unreadable ################################################### st <- ProteinSequenceTrack(sequence = hxb2_seq, name = "env", cex = 0.5) plotTracks(trackList = c(pat, st), from = 1, to = 850) ################################################### ### code chunk number 9: ProbeTrack-basic ################################################### data(restab) pt<-ProbeTrack(sequence = restab$peptide, intensity = restab$group2, probeStart = restab$start) plotTracks(pt, from = 460, to = 560) ################################################### ### code chunk number 10: ProbeTrack-wide-ranges ################################################### plotTracks(pt, legend = TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: CladeTrack ################################################### ctA <- CladeTrack(restab, clade = "A", type = "l") ctM <- CladeTrack(restab, clade = "M", type = "l", legend = TRUE) plotTracks(c(ctA, ctM), main = "Clades comparison", cex.main = 1.5) ################################################### ### code chunk number 12: complex-plot ################################################### pt <- ProbeTrack(sequence = restab$peptide, intensity = restab$group2, probeStart = restab$start, cex=0, legend=TRUE) plotTracks(trackList=c(pat, st, at, pt, ctM), from=460, to=560, type="l") ################################################### ### code chunk number 13: plot-inter ################################################### plot_inter(restab_aggregate) ################################################### ### code chunk number 14: plot-clade ################################################### plot_clade(restab, clade = c("A", "B", "C"), sequence = hxb2_seq, from = 100, to = 600) ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### sessionInfo()