### R code from vignette source 'vignettes/CRImage/inst/doc/CRImage.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: CRImage.Rnw:31-32 ################################################### library(CRImage) ################################################### ### code chunk number 2: CRImage.Rnw:38-55 ################################################### f = system.file("extdata", "exImg2.jpg", package="CRImage") img=readImage(f) #convert image to the HSV color space imgHSV=convertRGBToHSV(img) #convert image to the LAB color space imgLAB=convertRGBToLAB(img) #convert back to the RGB color space imgRGB=convertHSVToRGB(imgHSV) imgRGB=Image(imgRGB) colorMode(imgRGB)='color' #display(imgRGB) #convert back to the RGB color space imgRGB=convertLABToRGB(imgLAB) imgRGB=Image(imgRGB) colorMode(imgRGB)='color' #display(imgRGB) ################################################### ### code chunk number 3: CRImage.Rnw:73-81 ################################################### f = system.file("extdata", "exImg2.jpg", package="CRImage") img=readImage(f) #convert to grayscale imgG=EBImage::channel(img,"gray") #create a mask for white pixel whitePixelMask=img[,,1]>0.85 & img[,,2]>0.85 & img[,,3]>0.85 #create binary image imgB=createBinaryImage(imgG,img,method="otsu",numWindows=4,whitePixelMask=whitePixelMask) ################################################### ### code chunk number 4: CRImage.Rnw:92-94 ################################################### f = system.file("extdata", "exImg2.jpg", package="CRImage") segmentationValues=segmentImage(filename=f,maxShape=800,minShape=40,failureRegion=2000,threshold="otsu",numWindows=4) ################################################### ### code chunk number 5: CRImage.Rnw:146-154 ################################################### f = system.file("extdata", "trainingData.txt", package="CRImage") #read training data trainingData=read.table(f,header=TRUE) #create classifier classifierValues=createClassifier(trainingData) classifier=classifierValues[[1]] #classifiedCells=classifierValues[[2]] #display(classifiedCells) ################################################### ### code chunk number 6: CRImage.Rnw:159-162 ################################################### #classify cells f = system.file("extdata", "exImg2.jpg", package="CRImage") classValues=classifyCells(classifier,filename=f,KS=TRUE,maxShape=800,minShape=40,failureRegion=2000) ################################################### ### code chunk number 7: CRImage.Rnw:166-174 ################################################### t = system.file("extdata", "trainingData.txt", package="CRImage") #read training data trainingData=read.table(t,header=TRUE) #create classifier classifier=createClassifier(trainingData)[[1]] #calculation of cellularity f = system.file("extdata", "exImg2.jpg", package="CRImage") cellularity=calculateCellularity(classifier=classifier,filename=f,KS=TRUE,maxShape=800,minShape=40,failureRegion=2000,classifyStructures=FALSE,cancerIdentifier="1",numDensityWindows=2,colors=c("green","red")) ################################################### ### code chunk number 8: CRImage.Rnw:185-189 ################################################### #create the classifier t = system.file("extdata", "trainingData.txt", package="CRImage") trainingData=read.table(t,header=TRUE) classifier=createClassifier(trainingData)[[1]] ################################################### ### code chunk number 9: CRImage.Rnw:191-194 (eval = FALSE) ################################################### ## dir.create("AperiOutput") ## f = system.file("extdata", package="CRImage") ## processAperio(classifier=classifier,inputFolder=f,outputFolder="AperiOutput",identifier="Da",numSections=2,cancerIdentifier="c",maxShape=800,minShape=40,failureRegion=2000) ################################################### ### code chunk number 10: CRImage.Rnw:201-211 ################################################### LRR <- c(rnorm(100, 0, 1), rnorm(10, -2, 1), rnorm(20, 3, 1), rnorm(100,0, 1)) BAF <- c(rnorm(100, 0.5, 0.1), rnorm(5, 0.2, 0.01), rnorm(5, 0.8, 0.01), rnorm(10, 0.25, 0.1), rnorm(10, 0.75, 0.1), rnorm(100,0.5, 0.1)) Pos <- sample(x=1:500, size=230, replace=TRUE) Pos <- cumsum(Pos) Chrom <- rep(1, length(LRR)) z <- data.frame(Name=1:length(LRR), Chrom=Chrom, Pos=Pos, LRR=LRR, BAF=BAF) res <- correctCopyNumber(arr="Sample1", chr=1, p=0.75, z=z) ################################################### ### code chunk number 11: CRImage.Rnw:215-216 (eval = FALSE) ################################################### ## plotCorrectedCN(res, chr=1)