### R code from vignette source 'vignettes/CNORdt/inst/doc/CNORdt-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: installPackage (eval = FALSE) ################################################### ## source("http//bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("CNORdt") ################################################### ### code chunk number 2: Ropts ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 3: loadLib ################################################### library(CellNOptR) library(CNORdt) ################################################### ### code chunk number 4: getData ################################################### data(CNOlistPB, package="CNORdt") data(modelPB, package="CNORdt") ################################################### ### code chunk number 5: preProcess ################################################### # pre-process model model = preprocessing(CNOlistPB, modelPB) initBstring <- rep(1, length(model$reacID)) ################################################### ### code chunk number 6: optimise ################################################### opt1 <- gaBinaryDT(CNOlist=CNOlistPB, model=model, initBstring=initBstring, verbose=FALSE, boolUpdates=10, maxTime=30, lowerB=0.8, upperB=10) ################################################### ### code chunk number 7: plotData ################################################### cutAndPlotResultsDT( model=model, CNOlist=CNOlistPB, bString=opt1$bString, plotPDF=FALSE, boolUpdates=10, lowerB=0.8, upperB=10 ) ################################################### ### code chunk number 8: writeRes ################################################### writeScaffold( modelComprExpanded=model, optimResT1=opt1, optimResT2=NA, modelOriginal=modelPB, CNOlist=CNOlistPB ) writeNetwork( modelOriginal=modelPB, modelComprExpanded=model, optimResT1=opt1, CNOlist=CNOlistPB )