############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data recountWorkflow ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘recountWorkflow/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘recountWorkflow’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘recount-workflow.Rmd’ using rmarkdown trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/v2/SRP045638/rse_gene.Rdata' Content type 'binary/octet-stream' length 12604886 bytes (12.0 MB) ================================================== downloaded 12.0 MB trying URL 'https://github.com/leekgroup/recount-website/blob/master/predictions/PredictedPhenotypes_v0.0.06.rda?raw=true' Content type 'application/octet-stream' length 548129 bytes (535 KB) ================================================== downloaded 535 KB 2024-05-17 08:04:45.501 R[89729:1856139540] XType: com.apple.fonts is not accessible. 2024-05-17 08:04:45.501 R[89729:1856139540] XType: XTFontStaticRegistry is enabled. [WARNING] This document format requires a nonempty