############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### chmod a+r gatom -R && F:\biocbuild\bbs-3.19-bioc\R\bin\R.exe CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data gatom ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file 'gatom/DESCRIPTION' ... OK * preparing 'gatom': * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building 'gatom-tutorial.Rmd' using rmarkdown Quitting from lines 224-226 [unnamed-chunk-20] (gatom-tutorial.Rmd) Error: processing vignette 'gatom-tutorial.Rmd' failed with diagnostics: cannot open URL 'http://artyomovlab.wustl.edu/publications/supp_materials/GAM/Ctrl.vs.MandLPSandIFNg.met.de.tsv.gz' --- failed re-building 'gatom-tutorial.Rmd' SUMMARY: processing the following file failed: 'gatom-tutorial.Rmd' Error: Vignette re-building failed. Execution halted