############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data GenomeInfoDb ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘GenomeInfoDb/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘GenomeInfoDb’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘Accept-organism-for-GenomeInfoDb.Rmd’ using rmarkdown --- finished re-building ‘Accept-organism-for-GenomeInfoDb.Rmd’ --- re-building ‘GenomeInfoDb.Rnw’ using knitr Error: processing vignette 'GenomeInfoDb.Rnw' failed with diagnostics: Running 'texi2dvi' on 'GenomeInfoDb.tex' failed. LaTeX errors: ! Undefined control sequence. l.66 \hldef {seqmap} \hlkwb{<-} \hlkwd{genomeStyles}\hldef{()} ? ! Emergency stop. ! Emergency stop. l.66 End of file on the terminal! ! ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced! --- failed re-building ‘GenomeInfoDb.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘GenomeInfoDb.Rnw’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted