############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data coMET ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘coMET/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘coMET’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘coMET.Rnw’ using knitr Quitting from lines 337-345 [cometwebPlot] (coMET.Rnw) Error: processing vignette 'coMET.Rnw' failed with diagnostics: error in evaluating the argument 'object' in selecting a method for function 'getTable': error in evaluating the argument 'table' in selecting a method for function '%in%': --- failed re-building ‘coMET.Rnw’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘coMET.Rnw’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted