############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data SurfR ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘SurfR/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘SurfR’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘Intro_to_SurfR.Rmd’ using rmarkdown trying URL '/system/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_OSX_x64.zip' Quitting from lines 421-426 [meta GEO_input counts] (Intro_to_SurfR.Rmd) Error: processing vignette 'Intro_to_SurfR.Rmd' failed with diagnostics: HDF5. File accessibility. Unable to open file. --- failed re-building ‘Intro_to_SurfR.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘Intro_to_SurfR.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted