############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data chromVAR ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘chromVAR/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘chromVAR’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * cleaning src * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘Introduction.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 69-71 [unnamed-chunk-6] (Introduction.Rmd) Error: processing vignette 'Introduction.Rmd' failed with diagnostics: error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'as.data.frame': bad value --- failed re-building ‘Introduction.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘Introduction.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted